რაფაელი დაიბადა პეტროპოლისში, რომელიც ერთი საათის სავალზე მდებარეობს ქალაქ რიო-დე-ჟანეიროდან, რიო-დე-ჟანეიროს შტატში. ფეხბურთის თამაში დაიწყო ხუთი წლის ასაკში. კარიერა დაიწყო „ბოა-ესპერანსაში“, როგორც თავდამსხმელმა. რაფაელი და ფაბიო იყვნენ 11 წლის, როცა ისინი გადავიდნენ „ფლუმინენსეში“

„ფლუმინენსეში“ გადასვლისას, მწვრთელმა რაფაელი დააყენა მცველის პოზიციაზე. 2005 წელს ჰონ-კონგში გამართულ ტურნირზე ის და მისი ძმა შეამნჩია „მანჩესტერის“ სკაუტმა, რომელმაც დაურეკა სერ ალექს ფერგიუსონს და ურჩია ტყუპების აყვანა გუნდში. „მანჩესტერის“ მესვეურები დაუკავშირდნენ „ფლუმინენსეს“ და სთხოვეს ნებართვა, რათა ტყუპები წაეყვანათ მანჩესტერში. მცირე ხანში ტყუპებს დაუკავშირდა „არსენალის“ წარმომადგენლები და შესთავაზეს ტყუპებს ლონდონში ჩასვლა „ფლუმინენსეს“ ნებართვის გარეშე, მაგრამ მათმა დედამ უარი განაცხადა ამაზე, მისი თქმით, ტყუპები „ფლუმინენსეში“ თამაშობდნენ 11 წლის ასაკიდან და მათ უნდა გამოეხატათ ერთგულება კლუბის მიმართ. კლუბებმა შეთანხმებას მიაღწიეს 2007 წელს და 2008 წელს ტყუპები გადაბარგდნენ „მანჩესტერში“ ისე, რომ არც ერთი მატჩი არ ჰქონდათ ნათამაშები „ფლუმინენსეს“ პირველ გუნდში.

ტყუპებმა გადაწყვიტეს ხელშეკრულების გაფორმება „მანჩესტერ იუნაიტედთან“ და შეთანხმებას მიაღწია ორმა კლუბმა 2007 წლის თებერვალში. 2008 წლის იანვარში ისინი გადავიდნენ „მანჩესტერში“, მაგრამ არ ჰქონდათ თამაშის უფლება 2008 წლის 18 ივლისამდე. რაფაელის დებიუტი კლუბის შემადგენლობაში შედგა ამხანაგურ მატჩში „პიტერბრო იუნაიტედთან“ 4 აგვისტოს, სადაც მისმა კლუბმა მოიგო 2-0. შემდეგ რაფაელი შეიყვანეს მთავარი გუნდის 2008-09 წლების სეზონის განაცხადში და გადასცეს 21-ნომრიანი მაისური. რაფაელის დებიუტი ჩემპიონატში შედგა 2008-09 წლების პრემიერლიგის სეზონში, შეცვალა ფრეიზერ კემპბელი „ნიუკასლ იუნაიტედთან“ ფრედ, 1-1 დასრულებულ საშინაო მატჩში, 17 აგვისტოს. ევროტასებზე რაფაელის დებიუტი შედგა „ოლბორგთან“ უეფა-ს ჩემპიონთა ლიგაზე 30 სექტემბერს, მისმა გუნდმა მოიგო 3-0